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基因組學聯盟追踪SARS-CoV-2的菌株信用卡娛樂城

亞利桑那州COVID-19基因組學聯盟(ACGU)報告的初步發現表明,自1月下旬亞利桑那州首次報告COVID-19病例以來,該州沒有發現未被發現的病例,並且在兩次之間至少發生了11次明顯的入侵之前沒有發生過COVID。 2月中旬至4月初。

發表的結果發表在科學期刊上 生物技術.

北卡羅來納州希望大學,北亞利桑那大學(NAU),亞利桑那大學(UArizona)和亞利桑那州立大學(ASU)的附屬機構,翻譯基因組學研究所(TGen)的教師於4月啟動了ACGU,其明確目的是追踪SAV-CoV-2是COVID-19的致病因子:它如何進化以及如何擴散到亞利桑那州內外。

ACGU在亞利桑那州盡可能多的病毒陽性患者樣本中對SARS-CoV-2基因組進行了測地下539公式序,並與亞利桑那州的公共衛生官員合作,將結果應用於全州範圍的測試和追踪患者,並為亞利桑那州提供指導公共政策制定者。

ACGU科學家同意,亞利桑那州立大學(ASU)和馬里科帕縣公共衛生官員的迅速採取行動,很可能使亞利桑那州的首例確診COVID-19病人(剛從該疾病起源地中國湖北省返回的一名學生)著火了,阻止亞利桑那州成為傳染病的早期震中。

ACGU董事Regents的生物科學教授,NAU的Cowden微生物學主持人Paul Keim博士說:“這捕魚達人舊版是一個成功而迅速的徹底公共衛生對策,可以成功預防這種疾病的傳播,這是一個很好的例子。” NAU病原微生物學研究所執行董事。

TGen病原菌和微生物組部的傑出教授兼聯合主任Keim補充說:“即使未來病毒繼續傳播並且人們仍然易受感染,在製定未來的措施以重新開放企業和學校時,也可以採取類似的措施。”

ACGU聯合創始人,亞利桑那大學生態與進化生物學系主任Michael Worobey博士對此表示贊同。

“這是患者採取正確的措施隔離自己並意識到自己可能患有這種疾病,而公共衛生官員則採取的所有正確措施結合在一起。停止539必中法入侵COVID-19是亞利桑那州的勝利。” Worobey博士說。

這為亞利桑那州的備災工作贏得了寶貴的時間。第一個報告的“社區”傳播病例發生在3月初的亞利桑那州,源於2月發現的華盛頓州爆發。來自亞利桑那州COVID-19病例的SARS-CoV-2基因組序列的80%以上來自至少11個分離通博娛樂城最初在歐洲廣泛流傳的各种血統,此後一直以旅行為主導,席捲了整個美國的疫情。沒有觀察到的傳播群在流行病學上與亞利桑那州與旅行有關的原始病例有關,表明成功進行了早期隔離和隔離。

A註冊送彩金CGU使用最先進的測序儀,定制的計算分析工作流程和超級計算機來確定病毒RNA基因組的序列,該序列的長度不足30,000個鹼基。相比之下,人類基因組中有將近30億個鹼基,它們決定的特徵像眼睛和頭髮的顏色一樣簡單,而與個體對癌症和其他疾病的傾向一樣複雜。

到目前為止,TGen已從近3,000個COVID-19位置對SARS-CoV-2基因組進行了測序必發網在亞利桑那州200,000多例陽性病例中,AGU和UArizona都進行了額外的測序,這使其成為美國最強大的此類工作之一。 ACGU接收亞利桑那州按州,縣,部落和私人醫療保健系統收集的樣本。

ACGU科學家利用病毒基因組中的細微變化或突變來追踪病毒的傳播,這些變化或突變隨病毒繁殖隨時間自然發生。通過將在亞利桑那州觀察到的突變與在全球範圍內傳播的菌株中存在的突變進行比較,他們可以確定何時何地將病毒引入亞利桑那州。

使用分子時鐘分析,研究人員發現亞利桑那州的大多數序列由兩個譜系和幾個亞譜系代表-其中大多數可能是通過國內旅行引入的,但有一些國際進口的證據。

Keim博士說:“通過ACGU,我們利用整個亞利桑那州在病毒學,基因組學,進化和生物信息學方面的專業知識,以迅速將這些基因組數據提煉成可行的見解,從而補充該州的公共衛生應對措施。” “這些結果證明,在遏制感染潮流的積極測試之後,公共衛生接觸者追踪和自我隔離的力量。”

弗拉格斯塔夫的TGen North醫院主任David Engelthaler博士說,ACGU最初的調查結果表明,每個州,每個州都如何編寫自己的故事,說明COVID-19大流行的原因。

ACGU的另一位聯合創始人恩格塔勒博士說:“我們需要了解所有通往今天的情節線。” “一旦1月26日在亞利桑那州發現了這種疾病,公共衛生就會立即介入以確保確定所有接觸者,收集樣本並在接下來的幾週內密切觀察患者以確保沒有任何疾病。更多案件。”

他說,在未來的幾個月中,有必要跟踪COV耀發娛樂城ID-19會在每個病例中爆發並建立流行病牆,特別是對於那些風險最大的人群:65歲以上的人群,長期護理設施中的人員,監獄以及存在健康問題的人群。

Engelthaler博士說:“如果您不關注此問題,那麼當您沒有聯繫追踪時,它真的很容易在人與人之間轉移。” “對於公共政策制定者來說,在當地做出明智的決定非常有用。”

領導ASU團隊的病毒學家Efrem Lim博士說,SARS-CoV-2基因組序列數據可以為醫療保健提供者和公共政策制定者提供抗擊大流行的優勢。

亞利桑那州立大學生物設計研究所助理教授林博士說:“跟踪病毒及其突變的傳播可確保所開發的療法和疫苗的發展正確。” “我們現在可以從序列水平上了解社區中的SARS-CoV-2病毒。”

這項研究 – 亞利桑那州SARS-CoV-2種群結構和動態的早期大流行分析。  -得到以下機構的支持:NARBHA研究所,弗林基金會,弗吉尼亞·G·派珀慈善信託基金,亞利桑那州的藍十字和藍盾,美國國立衛生研究院,戴維和露西爾·帕卡德基金會,亞利桑那大學的科學與技術學院研究創新與影響力研究所和BIO5研究所。
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作者承認,亞利桑那州衛生服務部以及多個縣和部落衛生部門在將樣品送至要進行測序的ACGU中發揮了關鍵作用。計算分析是在北亞利桑那大學的季風計算集群上進行的,該集群由亞利桑那州技術與研究計劃基金(TRIF)資助,該基金由亞利桑那州董事會管理。 TRIF還資助了其他分析工作。軟件開發工作部分由Chan-Zuckerberg Initiative和Alfred P. Sloan基金會資助。考登微生物學基金會提供了資金來支持工資。

參考:Ladner JT,Larsen BB,Bowers JR等。亞利桑那州SARS-CoV-2種群結構和動態的早期大流行分析。 Fraser CM,編輯。 生物技術2020; 11(5):e02107-20。 doi:10.1128 / 生物技術.02107-20。

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