下一代測序（ñGS）的發展使研究人員能夠研究以前可能被認為過於復雜或過於昂貴的基因組。然而，複雜的植物基因組的分析通常具有大量的重複序列，這仍然是一個挑戰。因此，來自萊布尼茲植物遺傳與作物研六合彩開獎日期2020究所（IPK），馬丁·路德大學哈勒·威登堡（MLU）和萊布尼茲植物生物化學研究所（IPB）的生物信息學研究人員現已發布了“ 屏蔽器植物”程序，該程序可以進行重複序列娛樂城的相關搜尋從而促進了植物基因組的分析。
在生物信息學中，術語“ k-mer”用於描述一定長度“ k”的核苷酸序列。通過定義和計數這樣的序列，研究人員可以量化他們正在研究的基算偏財運因組中的重複序列，並將其分配到相應的位置。早在（2014年）。年，位於Gatersleben IPK的研究人員就使用這種方法來開發矽發發網基於計算機的工具）“ 屏蔽器”。它用於檢測大麥基因組表徵中的重複（Schmutzer 等（2014年）。
ñGS的使用變得越來越重要，但是ñGS結果的複雜基因組的無錯組合仍然是一個挑戰。由於這個原因，研究人員最近決定恢復並擴大這個最初的概念驗證項目。在Thomas Schmutzer博士的領導下，Thomas Schmutzer博士以前是IPK的“生物信息學和信息技術”研究小組的成員，現在隸屬於MLU，MLU，IPK和Wageningen Uni的科學家贏家娛樂城versity＆Research與IPB Halle在“ 屏蔽器工廠”的重新設計和開發方面密切合作。來自德國生物信息基礎設施網絡“ de.ñBI”的兩個服務中心“ GCBñ”和“ CiBi”在很大程度上支持了這項合作。
“ 屏蔽器植物”允許使用全基因組衍生的k-mers快速無參考地篩選核苷酸序列。作為對先前版本的擴展，生物信息學工具現在還可以在不同品種或密切相關物種之間進行比較研究，並支持鑑定適合作為熒光原位雜交（FISH）探針或CRISPR / Cas9特異性指南RñA的序列。此外，“ 屏蔽器植物”已通過Web服務發布，其中包含針對選定的具有經濟意義的重要作物（例如大麥或小麥）的預先計算的索引。 Schmutzer博士強調說：“該工具將使全世界的植物研究人員能夠測試植物基因組，從而，例如，確定其感興趣序列的重複自由部分。”相反，他認為增強的功能將使得有可能檢測在一個物種的基因組中倍增但在其他物種中缺失或以較小拷貝數出現的序列候選區域。這百家樂是一種常見效應，有助於各種農作物的農藝重要性表型變異。一個重要的例子是Vrn-H2基因，它在冬季大麥中以單拷貝形式存在，而在大麥春季品系中卻缺失。
現在，“ 屏蔽器植物” Web服務是IPK作物分析工具套件（CATS）的一部分，因此是de.ñBI服務平台的服務。或者，可以通過GitHub直接訪問和安裝“ 屏蔽器植物”源代碼。
參考：Beier等。 （2019）。 屏蔽器 植物 –評估植物物種複雜序列空間的工具。 植物學報。 DOI：https：//doi.org/10.1111/tpj.14645。
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