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軟件解決方案可快速,輕鬆地分析環境微生物的博客娛樂城

不萊梅馬克斯普朗克海洋微生物研究所的研究人員正在開發一種用戶友好的方法,可以從原始的基因組數據中重建和分析SSU rRNA。

首先是背景:微生物學家傳統上使用小亞基核醣體RNA或短SSU rRNA基因來確定他們正在處理的生物。該標記基因可以識別幾乎所有活的生物,無論是細菌還是動物,然後將其分配到生命樹中。

一旦知道了生命樹中的位置,就可以設計特定的DNA探針,以一種稱為FISH(熒光原位雜交)的方法使生物可見。 FISH有許多應用,例如對細胞進行分選或在顯微鏡下記錄其形態或空間位置。從DNA到基因再到樹再到探針再到圖像的這種方法稱為“全週期rRNA方法”。為了使SSU rRNA可測量,通常使用聚合酶鏈反應(PCR)對其進行擴增。

然而,今天,PCR越來越被所謂的宏基因組學所取代,後者記錄了棲息地中所有基因的全部。現在,快速的方法學進步使得可以快速而有效地生成大量此類宏基因組學數據。使用明顯短於DNA的序列片段(比SSU基因短得多)進行分析,然後將其費力地組裝並放入所謂的宏基因組組裝的基因組(MAGs)中。短基因片段不能提供完整的SSU rRNA,即使在許多裝配體和MAG中,我們也找不到該重要的標記基因。這使得很難在分子組中鑑定生物,難以將其與現有數據庫進行比較,甚至難以通過FISH進行可視化。

phyloFlash提供911娛樂城救濟

現在,不來梅馬克斯普朗克海洋微生物研究所的研究人員提出了一種彌合這一差距的方法,使從原始基因組數據中重建和分析SSU rRNA成為可能。 “這個名為phyloFlash的軟件可通過GitHub免費獲得,它結合了用於識別和可視化未培養微生物的全週期rRNA方法以及宏基因組分析;這兩種技術在不萊梅的馬克斯·普朗克海洋微生物研究所都已經建立,”主要開發該方法的Harald Gruber-Vodicka解釋說。

“ phyloFlash包括所有必要步驟,從準備必要的基因組數據庫(在本例中為SILVA),數據提取和分類分類,到組裝,再到SSU rRNA序列與MAG的鏈接”。此外,該軟件非常易於使用,安裝和應用程序都在很大程度上實現了自動化。

特別適合簡單社區

格魯伯-沃迪卡(Gruber-Vodicka)和他的同事布蘭登·希(Brandon Seah)是共生研究的共同作者,這些人現在在微系統雜誌上發表phyloFlash。他們在該研究領域中涉及的社區相對簡單:通常,宿主生物與一個或少數微生物共生體生活在一起。這樣的社區特別適合使用phyloFlash進行分析。 “例如,我們對深海貽貝(Bathymodiolus)進行了大量研究,博客娛樂城細菌細菌亞群”,格魯伯-沃迪卡(Gruber-Vodicka)說。 “在這個經過深入研究的社區的幫助下,我們能夠測試phyloFlash是否以及如何可靠地工作。”實際上,新軟件可以可靠地識別貽貝及其各種共生體。

同時也是馬克斯·普朗克海洋微生物研究所共生研究人員的尼古·萊施(Niko Leisch)在小型海洋round蟲上測試了phyloFlash。對各種線蟲的分析表明,這些不起眼的蠕蟲中的某些物種可能與共生體有關。娛樂城pttGruber-Vodicka指出:“這些激動人心的一瞥突顯了我們簡單快速的方法的巨大潛力。”

開源和通用

phyloFlash是一個開源軟件。廣泛的文檔資料和活躍的社區確保了其不斷的測試和進一步的發展。 Gruber-Vodicka強調說:“ phyloFlash不僅對微生物學家而言很有趣。” “現在,來自不同研究領域的眾多科學家都在使用我們的軟件。簡單的安裝百家樂線上娛樂城 在這方面肯定是有幫助的,因為它降低了使用門檻”。對於布蘭登·西(Brandon Seah)來說,這種易於訪問和互動的特性尤其重要,他現在在馬克斯·普朗克(Max Planck)發展生物學研究所工作。 ”,西斯說。

從一開始,我們就響應用戶反饋添加了功能並開發了該軟件。這些用戶不僅是大廳裡的同事,而且是人娛樂城評價來自世界另一端的人們嘗試了一下,並在線與我們取得了聯繫。它強調了開源如何在軟件開發和科學方面都更俱生產力和效益。” 

參考
Gruber-Vodicka HR,Seah BKB,Pruesse E. phyloFlash:快速的小亞基rRNA分析和來自基因組學的靶向組裝。 微系統2020; 5(5)。 doi:10.1128 / 微系統.00920-20

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