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追踪Coronaviru娛樂城推薦的快速基因組學策略

得益於尖端的“納米孔”基因組測序技術,加文醫學研究所和悉尼新南威爾士大學柯比研究所的研究人員開發了迄今為止澳大利亞最快速的冠狀病毒基因組測序策略。技術進步有可能為SARS-CoV-2感染病例之間的關聯提供關鍵,及時的線索。

研究人員今天在《自然通訊》上發表了SARS-CoV-2納米孔測序的分析驗證和最佳實踐指南,他們希望這將使澳大利亞和海外的健康計劃能夠更快地採用快速測序技術。

“ SARS-CoV-2病毒每次在人與人之間傳播時,都可能產生復制錯誤,從而改變了其30,000個遺傳字母中的幾個。乙i88娛樂城通過鑑定這種遺傳變異,我們可以確定冠狀病毒的不同病例之間的聯繫-從而知道可能從何處檢出病例以及他們可能將其送給誰,”來自UNSW的第一作者,A / Prof Rowena 乙ull教授說。柯比學院。

A / Prof 乙ull教授說,基因組測試對於追踪病毒傳播至關重要,在這種情況下,如果仍無法通過單獨調查已知的流行病學接觸來查明來源,就可以了。

她說:“通過重建病毒的進化史或“家譜”,我們可以了解有助於傳播COVID-19的行為並識別所謂的“超級傳播者”。

“一旦發現新的’神秘’冠狀病毒病例,每一分鐘都很重要。在Garvan,我們已經重新利用了基因組測序功能,可以在短短幾個小時內快速分析冠狀病毒基因組。” Garvan臨床基因組學金霍恩中心基因組技術小組負責人Ira Deveson博士說。

“我們很高興與Garvan和Kirby研究所合作,開發無與倫比的冠狀病毒基因組測試速度。這樣的快速方法為未來通過實時基因組傳播研究進行接觸者追踪提供了一種可能的未來選擇。”來自悉尼新南威爾士大學和新南威爾士州健康病理學Randwick的乙ill Rawlinson AM教授說。

新南威爾士州皇家醫院阿爾弗雷德親王醫院健康病理學教授Sebastiaan van Hal教授說:“這項技術進步證明了公共病理學與研究所合作實現共同目標的可能性。”

開拓性的快速基因組學

快速查明SARS-CoV-2傳播至關重要。新南威爾士州健康病理學已與Garvan Institute和Kirby Ins合作必發網娛樂城努力開發更快的SARS-CoV-2基因組測序能力,潛力炫海娛樂城增強接觸追踪者採取快速行動隔離和監視潛在接觸者的能力。

Garvan的研究人員已經對先進的牛津納米孔技術的協議進行了微調,以在不到四個小時的時間內對SARS-CoV-2進行測序。 Garvan的金霍恩臨床基因組學中心是澳大利亞首家建立和應用這種納米孔技術進行SARS-CoV-2基因組監測的設施。

高精度新興技術

當前的金標準方法讀取的短遺傳序列 任你博娛樂城一次只有100-150個遺傳字母,萬來博娛樂城因為納米孔技術對可測序的DNA片段的長度沒有上限,並且能夠更快地確定病毒基因組的完整序列。

“但是,與許多新興技術一樣,人們一直對納米孔測序的準確性感到擔憂。我們在論文中解決了這些問題,在報告中我們對對冠狀病毒基因組測序的方案進行了嚴格的分析評估,” Deveson博士說。

研究人員的分析表明,納米孔測序方法具有很高的準確性(在157個SARS-CoV-2陽性患者標本中檢測出的變異體的靈敏度> 99%,精度> 99%),並提供了最佳實踐指南,研究人員希望這些指南將促進全球其他團隊對該技術的採用。

研究人員說,納米孔測序甚至可以通過啟用即時護理點測序並縮短關鍵病例的周轉時間來增強SARS-CoV-2的監測。

戴夫森博士說:“納米孔設備更便宜,更快,更便攜,並且不需要當前標準病原體基因組學工具所需的實驗室基礎設施。” “我們希望我們對該協議的驗證將有助於全球其他公共衛生團隊採用這項技術。”

參考:R.A。乙ull,T.N。Adikari,Ferguson,J.M.等。納米孔測序對SARS-CoV-2基因組快速分析的分析有效性。 Nat Commun。 2020; 11(6272)。 doi:10.1038 / s41467-020-20075-6

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