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關於蛋白質結合的新細節可能使真人娛樂城成為更好的藥物

準確知道蛋白質在哪裡受挫可能對製造更好的藥物有很大幫助。

這是萊斯大學科學家進行的一項新研究的結果,該研究正在尋找穩定或破壞生物分子關鍵部分的機制。

賴斯理論家彼得·沃里斯(Peter Wolynes),第一作者和校友明欽·陳(Mingchen Chen)及其同事在理論生物物理中心的原子尺度模型表明,不僅蛋白質中某些特定的受阻序列才能使它們發揮功能,定位它們還為我們提供了線索。獲得更好的藥物特異性。

Wolynes說,這種知識還可以幫助設計副作用更少的藥物。

團隊的開放獲取研究出現在 自然通訊.

原子尺度模型將可能的結合位點內的相互作用歸零,而不是指導其折疊的蛋白質中的絕大多數相互作用。較精細的分辨率模型允許併入諸如化學活性配體等輔助因子,包括藥物分子。研究人員說,這種能力為為什麼配體只能被特定的蛋白質而不是其他蛋白質最好地捕獲提供了新的認識。

Wolynes說,又名藥物,“非天然配體”傾向於與蛋白質中那些受挫的口袋結合得最好,一旦藥物結合,這些口袋中的受挫感就會最小化。有辦法找到然後學習數據發發網這些受挫最少的站點的不足將幫助製藥公司消除大量的試驗和錯誤。

Wolynes說:“進行藥物設計的標準方法是在蛋白質上嘗試10,000個結合位點以找到合適的結合位點。” “我們是說您不必抽樣所有可能的結合位點,只需一個合理的數字即可了解在本地環境中可能起作用的統計信息。

他說:“這是進行民意測驗和實際進行選舉之間的區別。” “民意測驗比較便宜,但是你仍然需要檢查一下。”

賴斯研究人員以蛋白質如何折疊的能量圖論而聞名。它通常採用粗粒度模型,其中氨基酸僅由幾個位點表示。

與嘗試確定每個殘基中每個原子隨時間的位置相比,該策略所需的計算能力更低,但是事實證明,該策略可根據其序列預測蛋白質的折疊方式,非常準確。但是對於這項研究,研究人員在原子水平上對蛋白質和蛋白質-配體複合物進行了建模,以了解是否博客娛樂城他們發現挫折感如何使蛋白質的某些部分具有與其他分子結合所需的靈活性。

Wolynes說:“以全原子分辨率進行建模的一大優點是,它使我們能夠評估藥物分子是否很好地適合結合位點。” “這種方法能夠快速顯示出某種藥物的結合位點將受到最小程度的抑制還是保留在一個受抑制的區域。如果分子結合後該位點仍然受到抑制,則蛋白質可能會重排,或者藥物可能會改變其方向一種可能引起副作用的方式。”

對受挫的位點進行建模-有時進行更改以查看會發生什麼-使研究人員能夠了解藥物特異性與結合口袋的關係。他們寫道,挫折分析提供了“一種篩選用於發現藥物的更具體化合物的途徑”。台灣娛樂城

沃林斯說:“這種沮喪的觀念出現在我們蛋白質折疊工作的開始。” “當我們將其應用於真正的蛋白質娛樂城註冊送體驗金lecules,我們發現了一些例子,其中折疊機制違反了我們根據娛樂城註冊送500 完美的渠道。然後我們發現這些與漏斗圖的偏差實際上是在某種程度上使蛋白質受挫的地方。

他說:“這就像證明規則的例外。” “一直以來都是正確的事情可能是微不足道的。但是,如果不是只有1%的時間是正確的,那麼這是一個有待解決的問題,我們已經能夠使用我們的結構預測軟件AWSEM做到這一點。”

正如該小組在另一篇最新論文中所描述的那樣,可以擴展該軟件以在原子水平上分析挫敗感。但是,追踪蛋白質中每個原子的計算成本非常高,以至於研究人員需要一種方法來採樣特定區域的運動,在這些區域中挫折可能會使折疊路徑混亂。

Wolynes說:“ Mingchen意識到有一個有效的算法可以對結合位點的局部環境進行採樣,但保持原子分辨率。”他指出,他和Chen(現為私營企業)正在使用該模型研究可能的療法,包括COVID-19相關藥物。

參考:Chen M.,Chen X.,Schafer,N.P.等。以原子分辨率測量生物分子的挫敗感。 Nat Commun。 2020; 11(5944)doi:10.1038 / s41467-020-19560-9

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