Salk研究人員繪製了有史以來最高分辨率的轉基因植物品系的基因組和表觀基因組，以準確揭示插入一塊外來DNA時在分子水平發生的變化。他們的發現發表在雜誌上 PLOS遺傳學。 ，闡明了用於修飾植物的常規方法，並提供了更有效地將潛在脫靶效應最小化的新方法。
Howard Hughes Medical I說：“這確實是一個起點，表明可以使用最新的作圖和測序技術來研究將基因插入植物基因組的影響。”娛樂城賺錢研究人員約瑟夫·埃克（Joseph Ecker），薩克（Salk）植物分子和細胞生物學實驗室的教授，基因組分析實驗室的負責人。
當科學家想要將一種新基因放入植物中以進行基礎研究或促進糧食作物的健康或營養時，他們通常依靠根癌農桿菌來完成這項工作。農桿菌是引起冠gall瘤的細菌，冠，瘤台湾六合彩在樹的樹幹上膨大。幾十年前，科學家發現，當細菌感染一棵樹時，它會將一些DNA轉移到樹的基因組中。從那時起，研究人員就利用農桿菌的轉移DNA（T-DNA）將所需基因轉移到植物中，以達到自己的目的。
最近，DNA測序技術開始暗示，當農桿菌T-DNA用於將新基因插入植物時，可能會導致天然DNA的結構和化學性質發生其他變化。
埃克爾說：“生物技術公今彩539開獎號碼預測司花費大量的時間和精力來表徵轉基因植物，而忽略了具有不必要變化的候選者，而從基本生物學的角度來看，它們並不清楚為什麼會發生這些變化。” “我們的新方法提供了539開獎結果一種更好地理解這些影響的方法，並可能有助於加快這一過程。”
“目前最大的未知數是，是否與您想要的片段同時插入了T-DNA，以及插入了多少拷貝，”現任拜耳作物科學公司前索爾克研究人員的弗洛里安·朱佩說。 Jupe，Salk研究員Mark Zander和研究助理Angeline Rivkin與J. Craig Venter研究所的Todd Michael共同是該論文的第一作者。
由於T-DNA方法可以導致所需基因的許多拷貝整合到植物中，因此，由於大多數技術難以測序，因此很難用標準DNA測序來研究最終結果。娛樂城體驗金500 高度重複的DNA片段。但是埃克和他的同事娛樂城註冊送現金我們轉向了一種新的方法組合，包括光學作圖和納米孔測序，以高分辨率觀察了這些漫長的過程。他們將技術應用於隨機選擇的擬南芥的四個T-DNA系，擬南芥是生物學上常用的模型植物。 （這些植物來自大量的T-DNA插入突變體，這些突變體是使用擬南芥轉化方法（稱為花浸）創建的，用於研究基因功能。）
光學測繪揭示了新天下娛樂城這些植物的基因組中有1到7個不同的插入或重排，大小幾乎增加了十倍。對兩個品系的基因組進行納米孔測序和重建證實了插入至單字母分辨率的情況，包括已在其中一個品系的染色體之間交換或移位的DNA的完整片段。基因插入本身表現出多種模式，插入的DNA片段有時會被打亂，倒置甚至被沉默。
邁克爾說：“這項研究甚至在一年前還是不可能的。” “納米孔測序，有人將其稱為DNA測序的’聖杯’，甚至徹底改變了基因組最複雜的區域的閱讀方式，而這些區域直到現在仍是完全無法進入和未知的。”
最後，當研究人員研究稱為組蛋白的遺傳物質包時，他們發現了其他變化。組蛋白將DNA包裝成結構單元，對這些組蛋白的修飾介導了基因是否可以被細胞使用（一種稱為表觀遺傳學的調節水平）。根據整合T-DNA的位置，某些附近的組蛋白修飾會出現或消失，從而可能改變其他附近基因的調節或激活。
Zander說：“現在，我們對T-DNA插入如何影響局部表觀基因組環境有了第一個高分辨率見解。”
在理想的世界中，研究完美娛樂城她說，T-DNA可以插入所需基因的一個單一功能性拷貝，而對植物基因組沒有附近的副作用。儘管他們的發現表明在擬南芥中很少出現這種情況，但他們的方法為更好地了解和監測其效果提供了一條途徑。
里夫金說：“這項技術令人興奮，因為它使我們可以更清楚地了解這些轉基因擬南芥品系中的情況。”
“使用擬南芥，這是相對容易的，因為它的基因組很小，但是由於DNA測序技術的不斷改進，我們希望這種方法也適用於農作物，” Salk國際遺傳學委員會主席Ecker補充說。 “目前的方法需要篩選數百個轉基因品係以找到表現良好的品系，例如沒有額外插入的品系，因此該技術可以提供更有效的方法。”
本文已從Salk Institute提供的材料中重新發布。注意：材料的長度和內容可能已被編輯。有關更多信息，請聯繫引用的來源。
參考：弗洛里安·朱佩（Florian Jupe），安吉琳·C·里夫金（Angeline C.Rivkin），托德·P·邁克爾（Todd P. 2019。植物T-DNA插入的複雜架構和表觀基因組影響。 PLOS遺傳學。 https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007819。
