研究人員開發了一個新的AI驅動平台,該平台可以在訓練有素的生物學家的精確度下分析病原體如何感染我們的細胞。
HRMAn(“ Herman”)平台代表主機對微生物分析的響應,它是開源的,易於使用的撲克牌遊戲,可以針對各種病原體進行量身定制,包括 腸沙門氏菌.
由弗朗西斯·克里克研究所(Francis Crick Institute)和倫敦大學學院(UCL)的科學家首創的HRMAn使用深層神經網絡來分析病原體與人(宿主)細胞相互作用的圖像中的複雜模式,從而提取出科學家們手工所做的相同詳細特徵。這項研究發表在開放存取期刊eLife上,其中包含一個下載平台和訪問教程視頻的鏈接。
永不眠的科學家
線上娛樂城“對於生物學家來說,這過去是手動的,費時的任務,現在我們只需花幾分鐘在計算機上,就可以使我們更快,更準確地了解傳染性病原體以及我們的身體對它們的反應,” Crick小組負責人Frickel領導了該項目。 “ HRMAn實際上可以像生物學家一樣看到宿主-病原體之間的相互作用,但與我們不同,它不會感到疲勞,不需要睡覺!”
為了展示在KNIME平台上運行的HRMAn的強大功能,研究小組使用它來分析人體對弓形蟲的反應,弓形蟲是一種在貓中復制的寄生蟲,被認為由世界三分之一以上的人口攜帶。
克里克(Crick)高通量篩選設施的研究人員收集了30,000張顯微鏡圖像,其中包含五種感染弓形蟲的人類細胞,並將其加載到HRMAn中進行分析。 HRMAn檢測並分析了超過175,000個含病原體的細胞娛樂城體驗金500lar隔室,提供有關每個細胞中寄生蟲的數量,寄生蟲在細胞內的位置以及多少細胞蛋白與寄生蟲相互作用的詳細信息,以及其他變量。
革新實驗室工作
UCL的MRC LMCB傑森·默瑟(Jason Mercer)實驗室的研究助理,該研究的第一作者,Artur Yakimovich說:“先前進行的宿主病原體圖像分析自動化的嘗試未能捕捉到這種細節。” “使用與自動駕駛汽車相同的算法,我們創建了一個平台,可提高大容量生物數據分析的精度,這徹底改變了我們的工作範圍。 大發網實驗室。當平台以訓練有素的專家的方式評估基於圖像的數據時,人工智能算法會派上用場。即使對於威力彩開獎時間是幾點很少甚至根本不了解編碼的科學家,它也非常易於使用。”
該團隊還使用HRMAn進行了分析 腸沙門氏菌 –細菌病原體比弓形蟲小16倍耀發娛樂城闡明其在研究不同病原體方面的多功麻將online能性。
“我們的團隊使用HRMAn來回答有關宿主與病原體相互作用的特定問題,但它在領域外也具有深遠的影響,”該研究的第一作者,Crick博士學生Daniel Fisch說。 “ HRMAn可以分析任何熒光圖像,使其與許多不同的生物學領域相關,包括癌症研究。”
本文已從弗朗西斯·克里克研究所(Francis Crick Institute)提供的材料中重新發布。注意:材料的長度和內容可能已被編輯。有關更多信息,請聯繫引用的來源。
參考:Fisch,D.,Yakimovich,A.,Clo娛樂城註冊送500ugh,B.,Wright,J.,Bunyan,M.,Howell,M.,…Frickel,E.(2019)。使用人工智能工作流程定義宿主與病原體的相互作用。 ELife,8,e40560。 https://doi.org/10.7554/eLife.40560