讀取基因組（有機體的所有DNA）的能力具有理解人類健康和疾病的巨大潛力。
加萬醫學研究所的研究人員 必發網娛樂城研究機構和悉尼新南威爾士大學悉尼分校已經發布了一種方法，通過適應可以執行精確分析的計算機算法來“離線”進行基因組分析-與當前程序相比，計算機內存要少得多。科學家的算法可能使識別九州娛樂城使用像智能手機一樣小的設備的計算內存，在偏遠地區或醫院床邊確定傳染病。
他們的發現發表在 科學報告。 .
基因組學無國界
可以對整個基因組進行測序的設備，例如牛津納米孔技術公司的MinION玩運彩測序儀，如今已經足夠小，可以夾在智能手機上，並且已經用於追踪新幾內亞線上麻將賺錢的埃539連碰算法博拉病毒和巴西的寨卡病毒。
這樣的設備能夠在48小時內創建超過TB的數據，但是它們的使用受到了限制，因為將未知樣品中的DNA與已知基因組的參考數據庫進行比較或“比對”需要大量的計算。到目前為止，只有使用高性能計算機工作站或互聯網連接，才可以執行此過程。
現在，Garvan研究所金霍恩臨床基因組學中心基因組技術團隊負責人Martin Smith博士和他的團隊發布了一種計算方法，該方法可以減少將基因組序列從16GB對齊到2GB所需的內存量，從而使其成為可能使用典型的智能手機中的可用內存進行現場分析。
“我們致力於使基因組技術更易於使用，以改善人類健康。它們正變得越來越小，但仍需要在偏遠地區發揮作用，因此我們創建了一種可以在移動設備上實時分析基因組數據的方法。設備。”史密斯博士解釋說。
分而治之
該團隊採用了Minimap2程序，該程序將DNA測序的“讀數”與已知基因組的參考文庫進行比對。通常對參考庫進行分類或索引，這有助於快速將測序讀數映射到參考基因組中的相應位置。
“到目前為止，挑戰在於參考索引需要太多的計算機內存，”史密斯博士解釋說。 “我們採用將參考文庫拆分為較小的片段的方法，在該片段上我們繪製了DNA讀段。完成對較小片段的映射後，我們將結果匯總在一起並挑出噪音，就像通過拼接在一起創建全景圖一樣較小的照片。”
“其他娛樂城評價算法採用類似的方法拆分參考數據，會產生大量虛假和重複的映射-就像全景照片中的重疊照片一樣。我們在這項研究中所做的是微調參數，並跨多個小索引選擇最佳映射。這種方法為我們提供了與當前標準基因組分析相似的準確性，後者以前需要高性能計算機中可用的內存。”史密斯博士說。
Smith博士的團隊將其算法的準確性與標準基因組學工作流程進行了比較。他們的結果不僅重現了99.98％的比對結果，而且通過使用較小的索引片段，該團隊可以定位出另外1％的測序讀數。
史密斯博士對他的技術很樂觀。 “輕巧，便攜式基因組分析的潛力是巨大的-我們希望這項技術有一天將在即時醫療微生物感染的背景下應用。任你博娛樂城在偏遠地區或在醫院病床邊的醫生手中進行勃起手術。”史密斯博士說。
