中國和國際科學家已經開發出一種評估基因組編輯工具安全性的新技術,該方法可能成為行業標準。該研究發表於 科學。
該技術被稱為“ GOTI”,用於通過兩細胞胚捕魚達人攻略胎注射進行全基因組脫靶分析。該技術是由中國科學院(CAS)神經科學研究所(ION)的研究人員開發的。中國科學院上海營養與健康研究所計算生物學所,斯坦福大學和深圳農業基因組研究所的合作夥伴。
研究人員使用GOTI評估了娛樂城廣告目標基因組編輯工具(包括CRISPR / Cas9和基礎編輯器)誘導的靶效應。他們發現,胞嘧啶鹼基編輯者誘導了大量脫靶的單核苷酸變體(S94大發網-娛樂城推薦NVs)。他539連碰意思們新天下娛樂城 還表明,在沒有預測的情況下,GOTI可以顯著提高脫靶檢測的靈敏度,並且可以檢測隨機生成的脫靶變體。
CRISPR / Cas9是已被廣泛使用的新一代基因編輯工具。但是,脫靶效應(如癌症)的風險已引起嚴重關注。
已經開發了多種脫靶檢測方案,其中大多數依賴於基於序列相似性或體外擴增的脫靶位點的預測。但是,後一種方法可能會引入大量噪聲,因此很難將脫靶信號-特別是單核苷酸變異-與背景噪聲分開。 CRISPR / Cas9是否誘導脫靶效應一直存在爭議。
ION的YANG Hui小組與其他合作者一起開發了GOTI,它是一種精確的脫靶檢測方法,獨立於計算預測並具有高信噪比。這項研究的精妙之處是在實驗中使用了小鼠胚胎。
研究人員在兩細胞階段使用小鼠胚胎,用紅色熒光蛋白(tdTomato)編輯並標記了一個卵裂球,而另一個卵裂球未編輯。然後,他們在胚胎第14.5天(E14.5)通過基於tdTomato表達的FACS對經過編輯的和未經過編輯的卵裂球的子代細胞進行了分類。
分別對tdTomato +和tdTomato-細胞進行了全基因組測序(WGS)娛樂城賺錢伊莉SNV和插入缺失通過tdTomato +樣品中三種算法的重疊來鑑定,而來自同一胚胎的tdTomato-樣品作為參照。該方法可以避免由體外擴增引起的噪聲問題。
此外,由於實驗組和對照組均來自同一胚胎,因此遺傳背景完全相同。因此,假定兩個細胞群體之間的差異是由基因組編輯工具引起的。
研究人員使用GOTI首先測試了CRISPR / Cas9系統。他們發現它沒有明顯的脫靶效應。這一結果將使關於CRISPR / Cas9脫靶效應的長期爭論平靜下來。
然後研究人員測試了另一種CRISPR / Cas9衍生技術BE3。先前的研究報導BE3引入了點突變,但沒有出現明顯的脫靶問題。但是,研究人員發現BE3產生了大量的脫靶SNV,而傳統的脫靶預測方法無法預測這些SNV。另外,發現一些脫靶位點出現在癌基因和腫瘤抑制基因上。
當前,將經典版539開獎結果本的BE3用於臨床應用是一個非常令人關注的問題。根據GOTI的脫靶檢測,研究人員發現,一些與BE3相關的基因編輯工具會產生不可預測的脫靶風險。這一發現鼓勵了 娛樂城重新審視此類新興技術的風險。
總之,本研究建立了一種基因編輯脫靶檢測方法,其準確性,廣度和準確性均高於以前的方法。 GOTI可用於開發具有更高準確性和安全性的新一代基因組編輯工具,從而建立新的行業標準。
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參考:左二偉,孫一笛,吳煒,袁隆龍,應文琴,孫皓,袁麗雲,拉斯·梅因斯坦,李一雪,楊輝。 2019.Cytosine基礎編輯器在小鼠胚胎中產生大量脫靶的單核苷酸變體。科學。 DOI:10.1126 / science.aav9973。