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“ CHESS”娛樂城推薦工具可幫助發現基因組組織的差異

巴塞羅那基因組調控中心(CRG),MRC LMS的發展與調控基因組學小組以及德國馬克斯·普朗克分子生物醫學研究所的一項新研究描述了一種新算法,可以比較癌症患者的3D基因組與健康的參考。該研究今天發表在雜誌上 自然遺傳學.

我們體內的大多數細胞都含有兩米長的DNA。全部娛樂城推薦需要將遺傳信息包裝到僅0.01毫米寬的細胞核中。為了比較,人的頭髮的寬度是0.1毫米。將DNA分子包裝成機智的東西信用卡娛樂城它的尺寸比人的頭髮小十倍,需要大量的組織。

在細胞核內,DNA被組織成稱為染色體的結構娛樂城評價es。人類有23對染色體,因此共有46對。先前的研究表明,這46個分子不會像板子上的意大利麵條那樣在核內相互纏繞,但是每個染色體都有自己的空間。

了解所有這些遺傳物質的結構對於細胞正常運作至關重要。影響DNA包裝的突變會導致發育狀況,癌症,神經元疾病等。這種潛在的有害影響意味著研究人員需要能夠以高分辨率監控DNA的包裝方式。這已經有大約10年的歷史了,但是到目前為止,大多數比較3D基因組組織的分析都是通過肉眼觀察數據或過度簡化的方法進行的。儘管有用,但是這非常耗時,並且可能會忽略重要信息。

該團隊使用一種稱為“結構相似性分析”的計算技術,開發了一種算法,該算法可將 娛樂城註冊送500例如,來自健康個體和癌症患者的DNA組織數據。然後,該算法可以識別在癌症患者中哪些區域包裝不同,以幫助識別可能出了什麼問題。

該算法的工作方式類似於機場的護照檢查。您的護照照片是參考圖像。電子亭會嘗試將參考照片與當天的臉相匹配,如果有足夠的相似性,它將使您通過。在此,該算法將相同的概念應用於3D基因組數據。它使用健康個體的數據作為參考,並嘗試找出癌症患者數據中的任何差異。

該工具可幫助研究人員以自動化的過程掃描DNA的全長,並且比肉眼觀察要快得多。它還允許研究人員為基因組區域提供數值。以前,他們只能說DNA的給定部分是否不同。現在,該算法為DNA區域分配了一個數值,該數值表示該區域與健康人相比與癌症患者之間的差異。該工具還可以突出顯示人眼根本看不到差異的區域中的差異。它還可以幫助更快地分析來自一組患者的數據。

MRC LMS發展與管理基六合彩結果統計因組學小組負責人,該研究的六合彩即時高級作者Juanma Vaquerizas討論了該研究的意義:

“該工具將用於基礎生物學研究,並將在其中直接應用。例如,許多癌症顯示出染色體易位和重排,其中染色體的一部分可能斷裂並重新附著到錯誤的染色體上,從而引起各種問題。這也是許多其他疾病的特徵。”

該工具的另一個獨特功能(稱為CHESS(使用結構相似性的Hi-C實驗的比較))是您可以比較不同物種之間的3D基因組組織,這有助於識別保守的雜種區域。911娛樂城的演變。 “沒有其他可用的工具可以系統地執行此分析。這確實為採用定量和系統的方法表徵基因組組織在不同樣品或物種之間的變化提供了可能。”西爾科·納科尼科國家中心(Marc Marti-Renom)實驗室的Marc Marti-Renom實驗室博士生Silvia Galan談到。 CRG)和該研究的聯合第一作者Nick Machnik。

參考:Galan S,Machnik N,Kruse K,DíazN,Marti-Renom MA和Vaquerizas JM。 CHESS可實現染色質接觸數據的六合彩中獎金額定量比較和自動特徵提取。 納特·吉納特2020。doi:10.1038 / s41588-020-00712-y

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